第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束。。在外星人救了他一命，一个叛逆的少年试图成为陌生的社会的一部分，杀害了他的母亲。。外星人打算侵略地球，他们运用超能力控制了主人公弗莱，并派其去说服人们离开地球前往一个假冒的天堂之地，只留下机器人接管。。
