故事开始于1997年,四名儿童在银点森林神秘失踪。23年后,在一个冒险营地中,一群孩子发现了一个能够打开时空裂缝的外星石头,并且意识到这个石头和当年失踪的四个孩子有关。。忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处,但史莱德同时也发现这一秘密,于是他们之间又展开了新一轮的战斗,而忍者神龟们也在战斗中得到了提高!。